W latach 1985–1988 przeniesiono i zrekonstruowano 18 obiektów architektonicznych w Parku Etnograficznym w Kaszczorku. W latach 1986–1988 na dziedzińcu Muzeum wybudowano amfiteatr. Został on oddany do użytku rok później. W 1990 roku w Arsenale wybuchł pożar.
20 sierpnia 1990 roku zmarła założycielka Muzeum Maria Znamierowska-Prüfferowa. 15 grudnia 1999 roku Muzeum nadano imię Marii Znamierowskiej-Prüfferowej.
W 2007 roku liczba zbiorów Muzeum wyniosło ok. 60 tys. obiektów. W wyniku ujawnionego przez Gazetę Pomorską fałszowania dokumentacji w sprawie dotacji na Rocznik Muzeum z Urzędu Marszałkowskiego, w 2008 roku dyrektor Muzeum Roman Tubaja utracił stanowisko dyrektora. Nowym dyrektorem Muzeum został Hubert Czachowski.
W 2018 roku w Wielkiej Nieszawce został otwarty nowy oddział Muzeum: Olenderski Park Etnograficzny. 12 grudnia 2019 roku Muzeum otrzymało Medal „Thorunium”. W 2021 roku zmarli dwaj dawni dyrektorzy Muzeum: Aleksander Błachowski (22 stycznia) i Roman Tubaja (17 kwietnia).