Mimo tych kontrowersji w 1917 r. Muchlisa Bubi zakończyła pracę jako dyrektorka szkoły i zaczęła pracować w wydziale spraw rodzinnych muzułmańskiego Centralnego Zarządu Duchownego. Zajmowała się rozstrzyganiem sporów rodzinnych, kobiety z całego kraju przybywały do niej, by szukać pomocy. Opracowała nowe regulacje z zakresu prawa rodzinnego, radykalnie ograniczające poligamię wśród muzułmanów w Rosji, ustanawiające też zasadę, by zawarcie drugiego małżeństwa było możliwe wyłącznie za zgodą pierwszej żony. Muchlisa Bubi wzywała również kobiety, by nie zgadzały się zostawać drugimi żonami. Opracowała wzór kontraktu małżeńskiego, dający kobiecie prawo do rozwodu w sytuacji, gdyby mąż pozostawił ją bez środków utrzymania na ponad rok, był alkoholikiem lub hazardzistą lub gdyby mimo wszystko bez jej zgody ożenił się z drugą kobietą. Walczyła o zakaz małżeństw dzieci i zmuszania wdów do zawierania małżeństwa z krewnymi zmarłego męża. Wspólnie z pozostałymi sędziami w 1923 r. wydała fatwę pozwalającą rosyjskim muzułmankom wyjść powtórnie za mąż, jeśli ich mężowie zaginęli podczas I wojny światowej i klęsk głodu, jakie po niej nastąpiły. Pisała o roli kobiet w społeczeństwach muzułmańskich, wzywała Tatarki do zachowywania ojczystego języka, podkreślała znaczenie tradycji religijnej.