Funk jest autorem terminu „witamina” (łac. vita – życie, amina – związek chemiczny zawierający grupę aminową), który wprowadził w 1912 roku. Pomógł mu w tym Ludwik Rajchman, który zaproponował Funkowi napisanie publikacji przeglądowej związanej z jego pracą, a nie pracy eksperymentalnej. Według ówczesnych przepisów praca przeglądowa nie wymagała zgody na publikację zwierzchników Funka, którzy sprzeciwiali się zastosowaniu nowego pojęcia „witaminy”. Artykuł ukazał się w The Journal of State Medicine, którego Rajchman był jednym z redaktorów.
Zajmował się leczeniem chorych na awitaminozy. Przewidywał, że brak witamin może powodować inne choroby: krzywicę, szkorbut, pelagrę. Większość swoich prac badawczych zrealizował w Instytucie Pasteura w Paryżu.
W czasie I wojny światowej przeniósł się do Stanów Zjednoczonych, gdzie prowadził badania nad wykorzystaniem witamin do celów leczniczych. W 1923 wrócił do Polski dzięki Ludwikowi Rajchmanowi, który jako przedstawiciel Ligi Narodów przekonał najpierw Funka a potem Fundację Rockefellera, by ta zapewniła Funkowi odpowiednie wynagrodzenie, jako kierownikowi oddziału biochemii w PZH w Warszawie. W latach 1923–1928 kierował tym oddziałem Państwowego Zakładu Higieny w Warszawie, pracował tam m.in. nad wyizolowaniem insuliny.