W łacińskim poemacie Victoria deorum (wydanym prawdopodobnie w 1600) Klonowic opisał w sposób alegoryczny walkę chrześcijanina oraz jego możliwe zwycięstwo nad grzechem. Zawarł też w nim opis różnych występków przeciw naturze i prawom boskim oraz krytykę stosunków społecznych i religijnych.
W 1595 wydał poemat Flis, to jest Spuszczanie statków Wisłą i inszymi rzekami do niej przypadającymi, w którym opisał pracę flisaków. Zawarł też w nim motywy moralistyczne (krytyka zepsucia wynikającego z chciwości oraz z handlu zbożem) oraz alegoryczne (żeglowanie jako metafora ludzkiego życia).
Worek Judaszów (wg strony tytułowej wydany w 1600, prawdopodobnie jednak później) to poemat prawniczy opisujący różne rodzaje przestępstw, nieprawości i zbrodni. Zawiera też marginalia, które mają ułatwić odnalezienie odpowiedniego fragmentu lub odsyłają do Pisma świętego, prawa rzymskiego lub prawa magdeburskiego, gdzie podobne uczynki zostały przewidziane i osądzone.