W 1189 Klemens III poparł Tankreda z Lecce (wnuka Rogera II) przeciwko Henrykowi VI Hohenstaufowi w walce o sukcesję sycylijską. Krok ten podyktowany był obawą przed zjednoczeniem królestwa Sycylii z Cesarstwem Niemieckim i zburzeniem równowagi sił w Italii, gwarantującej dotąd niezawisłość Stolicy Apostolskiej. Zrodziło to kolejne napięcia w stosunkach cesarstwa z papiestwem, które jednak w pełni ujawniły się dopiero za następnych pontyfikatów.
W ciągu swego pontyfikatu Klemens III mianował co najmniej 24 nowych kardynałów, z czego co najmniej 17 pochodziło z Rzymu lub okolic, w tym wielu z arystokratycznych rodzin. Doprowadziło to do zmiany struktury Świętego Kolegium, które na wiele lat zostało zdominowane przez rzymian. Krok ten prawdopodobnie miał służyć ściślejszemu związaniu wpływowych rodzin rzymskich z kurią i papiestwem. Klemens III był też jednym z pierwszych papieży praktykujących nepotyzm. Prawdopodobnie to on wprowadził do liturgii zwyczaj podnoszenia hostii i kielicha podczas podniesienia.
Klemens III, niecieszący się nigdy dobrym zdrowiem, zmarł w Pałacu Laterańskim prawdopodobnie 20 marca 1191, po niewiele ponad trzyletnim pontyfikacie.