W tym czasie dokształca się z podręczników do ekonomii oraz prowadzenia przedsiębiorczości Szkoły Głównej Handlowej.
W czasie odbywania kary Sikora przygotował wystawę o holokauście, na której obecny był Szewach Weiss, ambasador Izraela w Polsce oraz biskup Bronisław Dembowski. Od kolegi, który prowadził jego stronę internetową i zbierał podpisy w celu ułaskawienia, dowiedział się o zaniedbanym skarszewskim kirkucie. Korzystając z przerwy w odbywaniu kary zorganizował akcję porządkowania nekropolii.
Spędził w więzieniu Warszawa-Białołęka oraz we Włocławku, wliczając okres aresztowania, 10 lat. Od 2004 ze względu na stan zdrowia zezwolono mu na przerwę w odbywaniu kary. Zwracał się o ułaskawienie dwukrotnie: w 2002 i 2003. Został ostatecznie ułaskawiony przez Aleksandra Kwaśniewskiego 5 grudnia 2005 (Bryliński został ułaskawiony w grudniu 2010 przez prezydenta Bronisława Komorowskiego).
Działalność literacka, dziennikarska i filmowa Sławomir Sikora zaangażował się w działalność Więziennego Klubu Literackiego „Bartnicka 10” w więzieniu we Włocławku. Jego wiersz zdobył pierwszą nagrodę w konkursie literackim.