Pod koniec pontyfikatu rozpoczął nawet negocjacje pokojowe z Alfonsem III, niesfinalizowane jednak przed jego śmiercią.
W polityce wewnętrznej w Państwie Kościelnym Honoriuszowi udało się w dużym stopniu opanować zbuntowane tereny w Romanii, Marche i Spoleto, dotąd kontrolowane przez hrabiego Guido z Montefeltro. Dzięki swemu rzymskiemu pochodzeniu, nie miał większych problemów z ludnością Wiecznego Miasta, odmiennie niż jego, pochodzący z Francji, poprzednik.
Honoriusz IV planował zorganizowanie nowej krucjaty, jednak podobnie jak wiele innych tego typu projektów w owym czasie nie doszło do jego realizacji. Nadał nowe przywileje zgromadzeniom zakonnym (franciszkanom, dominikanom, karmelitom i augustianom). Ustanowił inkwizycję na Sardynii. Popierał nauczanie języków orientalnych na Uniwersytecie Paryskim z myślą o ewangelizacji Bliskiego Wschodu. Mianował jednego kardynała na konsystorzu 22 grudnia 1285 – został nim jego kuzyn Giovanni Boccamazza, mianowany kardynałem biskupem Frascati oraz legatem papieskim w Niemczech, Polsce i Skandynawii.