Nie chcąc uczestniczyć w masakrze cywilów, Peucker zastrzelił się na terenie Zamku Warszawskiego; zaskoczony jego czynem namiestnik Gorczakow wydał polecenie wycofania wojska do koszar, co pozwoliło na spokojne opuszczenie placu przez uczestników manifestacji i uniknięcie ofiar.
Samobójstwo Peuckera uczyniło go bohaterem mieszkańców Warszawy. Jego postawę wspominał m.in. Oskar Awejde jeszcze kilka lat po powstaniu styczniowym, wskazując, że społeczeństwo polskie, a nawet naród rosyjski, zostały napełnione wówczas nadzieją na wyzwolenie spod ucisku carskiego. Innej formy protestu oczekiwał rosyjski, emigracyjny rewolucjonista Aleksandr Hercen, który pisał:
Peucker został pochowany na cmentarzu ewangelicko-augsburskim przy ul. Młynarskiej 54 na warszawskiej Woli (aleja D, grób 85)śp. Jan Peucker. Jego nagrobek stał się miejscem pielgrzymek warszawiaków. Pogrzeb znanego warszawskiego kupca Edwarda Andrzeja Koelichena (15 kwietnia 1861) wykorzystano, by grób Peuckera udekorować naręczami kwiatów;