Po wybuchu kampanii wrześniowej Instytut ewakuował się poprzez Lwów do Francji, gdzie został reaktywowany, a po jej upadku do Wielkiej Brytanii. Początkowo mieścił się w Londynie, a następnie przeniesiony został do Edynburga, w Szkocji, gdzie istniał do 1946. Oficerowie WIG-u sporządzali mapy dla wojska polskiego walczącego na Zachodzie oraz dla wywiadu brytyjskiego (mapy miast polskich). Część z nich, wzięta do niewoli po agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939, została zamordowana w Katyniu, a część trafiła do ludowego Wojska Polskiego.
Do tej pory nie została wyjaśniona rola kilku pracowników Instytutu, którzy po klęsce wrześniowej powrócili do okupowanej przez Niemców Polski i podjęli pracę dla okupanta. Prawdopodobne jest, że kilka osób podjęło współpracę z Niemcami, faktem jednak jest, że wśród polskich pracowników, mimo ścisłego dozoru, istniała komórka ruchu oporu, uczestnicy której wprowadzali celowe błędy do opracowywanych bieżąco map, oraz przemycali mapy na zewnątrz.