Według badań stanu ekologicznego wód Stoły w latach 2015 i 2016 był on słaby (IV klasa jakości), o czym zadecydował głównie stan bezkręgowców bentosowych w dolnym odcinku i fitobentosu w górnym, choć stan tego ostatniego w dolnym odcinku był dobry. Przekroczone były ówczesne kryteria stanu dobrego pod względem zanieczyszczenia zawiesiną, BZT, ChZT nadmanganianiowego. Przekroczone były również ówczesne normy stanu dobrego dla azotu i fosforu. Woda jest zasolona (na dolnym odcinku przewodność elektrolityczna wyniosła 905 μS/cm). Stoła należy do kilku rzek w Polsce, w których stwierdzono przekroczenia norm dla zawartości talu (podobnie jak Mała Panew), fluorków i nonylofenoli (w tym przypadku w 2016 zanotowano najwyższy wynik wśród wszystkich badanych rzek). Przekroczone są również normy dla kilku innych substancji, które są stosunkowo często spotykane w polskich rzekach (kadmu, ołowiu, rtęci, heptachloru, WWA, fluorantenu, bromowanych difenyloeterów).
Obecnie planuje się budowę ścieżki rowerowej wzdłuż całej długości rzeki, w tym celu poszerzane jest koryto rzeki, oraz niwelowane jest strome zejście.
Wzdłuż północnego brzegu Stoły biegł słynny szlak solny.