negatywne nastawienie pojawia się między innymi wraz z wybuchem wojen i wzrostem liczby mieszkańców. Przewaga negatywnych czynników w obu wskaźnikach powoduje paraliż miasta i głód.
W kwestii zarządzania miastami zdecydowano się na rezygnację z systemu zanieczyszczenia środowiska, który dla graczy był uciążliwy. Zintegrowano go z systemem punktów zdrowia dla uproszczenia rozgrywki. Gracze stracili także istniejącą w Civilization III możliwość przenoszenia zużytych punktów produkcji do innego miasta. Redukcja elementów mikrozarządzania doprowadziła także do wprowadzenia kosztów utrzymania cywilizacji, wzrastających wraz z każdym założonym miastem, co miało w założeniu doprowadzić do zaprzestania przez graczy masowego tworzenia osadników.
W miastach oprócz budynków można wznosić także cuda, czyli specjalne budowle przynoszące dodatkowe korzyści miastu lub całej cywilizacji. Dzielą się one na cuda świata i cuda narodowe. Cuda świata stanowią kilkadziesiąt zróżnicowanych budowli (w tym siedem cudów świata), które może wybudować tylko jeden gracz i które dają specjalne opcje lub modyfikatory kilku miastom lub całej cywilizacji.