Kariera trenerska Karierę trenerską rozpoczął w 2010 roku w drużynie do lat 17, klubu Halmstads BK, gdzie awansował na trenera drużyny do lat 21, a później pierwszej drużyny. 19 listopada 2014 został zwolniony z funkcji pierwszego trenera klubu. Od 7 marca 2015 był selekcjonerem reprezentacji Szwecji U-21, z którą wywalczył mistrzostwo Europy do lat 21., organizowanych w Czechach. 4 stycznia 2016 został zatrudniony jako asystent trenera w AIK Fotboll. Z początkiem czerwca 2016, do 19 grudnia 2020 był trenerem IFK Norrköping. 28 maja 2021 został zakontraktowany jako trener Hajduka Split. W styczniu 2022 roku został ponownie zatrudniony, jako selekcjoner reprezentacji Szwecji do lat 21.
W maju tego samego roku Pogoń Szczecin ogłosiła, że Gustafsson zastąpi Kostę Runjaicia na funkcji trenera drużyny. 15 sierpnia 2024 roku odszedł z Pogoni Szczecin i związał się umową z saudyjskim Al-Fateh SC. 1 grudnia 2024 roku został zwolniony z Al-Fateh SC. 27 grudnia 2024 roku objął funkcję szkoleniowca szwedzkiego BK Hacken.