Od lutego 1934 roku w ołtarzewskim seminarium posługują siostry pallotynkis. M. Magdalena Bach SAC, ...O siostrach pallotynkach w Ołtarzewie, "Nasz Prąd. Pismo alumnów Wyższego Seminarium Duchownego w Ołtarzewie", numer specjalny, maj 2007 (80 lat ołtarzewskiego Seminarium), s. 32..
24 listopada 1939 roku podjęto decyzję o tym, że klerycy goście powinni opuścić Ołtarzew, gdyż przestał on być bezpiecznym miejscem – w maju gestapo aresztowało stąd ks. Józefa Jankowskiego i kilku innych pallotynów. Od czerwca 1942 r. budynek seminarium ponownie przejęły wojska niemieckie, a w 1944 roku zorganizowali w Seminarium szpital wojskowy. Wykładowcy i klerycy do końca wojny zmuszeni byli pozostać na Kopcu oraz u ojców bernardynów w Kalwarii Zebrzydowskiej. Tuż po wojnie pallotyni (m.in. br. Ignacy Forycki) zorganizowali w sali pod seminaryjnym kościołem drukarnię, która po przeniesieniu do Poznania w 1948 dała początek wydawnictwu Pallottinum. thumb|250px|Przebiterium kościoła seminaryjnego Budowę kościoła zakończono w 1948 r. Mieści się on w głównym budynku Seminarium. O jego wystrój zadbali architekt prof. Stanisław Marzyński, Zbigniew Łoskot odpowiedzialny za polichromie i projekt witraży oraz Wojciech Durek – autor głównego i 12 bocznych ołtarzy.