Został po raz pierwszy zaprezentowany publicznie w październiku 2015 r. na wystawie Dnia Innowacji Południowego Okręgu Wojskowego. 14 października 2015 r. sprzęt został przekazany do użytkowania jednostkom z Zachodniego Okręgu Wojskowego. Już wcześniej, wiosną 2015 r., system został wykorzystany bojowo w okupowanym Donbasie. W 2016 r. odnotowano użycie systemu podczas wojny domowej w Syrii.
W 2018 r. manewry z użyciem systemu Lejer-3 zostały przeprowadzone w jednostkach 49. Armii Południowego Okręgu Wojskowego. Miały one na celu sprawdzenie zdolności zastosowania systemu do zwalczania UAV oraz pocisków manewrujących. W 2020 r. system został udostępniony siłom zbrojnym Armenii podczas konfliktu o Górski Karabach. Z uwagi na wbudowane w wojskowe systemy łączności zabezpieczenia jego użycie nie zakończyło się sukcesem. W styczniu 2022 r. system RB-341W Lejer-3 został wykorzystany podczas tłumienia demonstracji w Kazachstanie. Wyposażenie elektroniczne przenoszone przez drony Orłan-10 pozwoliło na wyszukiwanie miejsc koncentracji uczestników demonstracji oraz na zakłócenie łączności telefonicznej pomiędzy nimi.
Bojowe użycie systemu odnotowano w 2022 r.