Bitwa 20 maja 1879 z Arica wypłynęły najsilniejsze okręty peruwiańskie: monitor "Huáscar", okręt flagowy komandora Grau i fregata pancerna "Independencia". 21 maja o świcie przybyły na redę Iquique. Oba okręty zostały najpierw dostrzeżone przez kanonierkę "Covadonga", która oddała strzał na alarm. Pomimo przygniatającej przewagi pancernych okrętów peruwiańskich, Prat zdecydował walczyć do końca w obronie honoru bandery i wygłosił krótkie przemówienie do załogi o takiej treści. Wkrótce okręty obu stron zaczęły się ostrzeliwać, na oczach tłumów zgromadzonych w porcie. Mimo rozkazu podążania za okrętem flagowym, "Covadonga" wkrótce się odłączyła i skierowała na południe, po czym bój rozdzielił się na dwa pojedynki: "Huáscara" z "Esmeraldą" i "Independencii" z "Covadongą".
thumb|Zatopienie "Esmeraldy" "Esmeralda" doznała awarii maszyn i mogła się poruszać jedynie z niewielką prędkością, więc Prat ustawił swój okręt przed portem, w pobliżu brzegu, zmuszając tym samym Peruwiańczyków do ostrożnego prowadzenia ognia w celu uniknięcia strat wśród ludności. Ponadto, Grau, któremu kapitanat portu przekazał pogłoski, że chilijski okręt może być otoczony minami, nie podchodził bliżej, niż na 500 m. "Huáscar" prowadził więc pojedynek artyleryjski z "Esmeraldą".