Zmiana nie oznaczała natychmiastowego zerwania z wcześniejszą tradycją liturgiczną ani likwidacji wspólnoty. Monastery ruskie jeszcze przez kilkadziesiąt lat zachowywały znaczną organizacyjną autonomię, zanim w XVIII w. przeprowadzono ich szerszą centralizację w ramach bazyliańskiej kongregacji.
Nie zachował się znany dokument opisujący reakcję poszczególnych prawosławnych mnichów z Biliny na przyjęcie unii ani pozwalający stwierdzić, czy któryś z zakonników opuścił skit.
Początek XVIII wieku Po przejściu do unii monaster nadal otrzymywał fundacje od miejscowej szlachty i mieszkańców regionu.
W 1696 r. Sen Dorotej, sołtys z Biliny, przekazał wspólnocie ziemię. W 1700 r. odnotowano zapis Aleksandra Kopystyńskiego w wysokości 125 zł oraz zapis krewnych zmarłego Jakuba Bilińskiego, urzędnika przemyskiego sądu grodzkiego. Z rodziną Bilińskich wiązały się również większe fundacje zabezpieczające odprawianie nabożeństw za żywych i zmarłych członków rodu.
W kolejnych dziesięcioleciach wspólnotę wspierali przedstawiciele Bilińskich, Winnickich, Nowosielskich, Ustrzyckich i innych okolicznych rodzin. Monaster stawał się jednocześnie miejscem pochówku przedstawicieli rodu Bilińskich.