Nadal, choć już rzadziej, pełnił obowiązki misjonarza – w 1763 podróżował do Nowogródka jako missionarius aulicus (misjonarz dworski) wojewodziny Anny Ludwiki Radziwiłłowej. W 1765 był superiorem misji worończańskiej. Był kaznodzieją Bractwa Dobrej Śmierci przy kościele św. Kazimierza i katechetą przy tejże świątyni, a jego kazania zdobyły duże uznanie. Pełnił także (od 1766) funkcję prefekta kaplicy Bożego Ciała przy akademickim kościele św. Jana i prefekta Kongregacji Mieszczan. Po kasacie Towarzystwa Jezusowego pozostał od 1768 roku w Wilnie na stałe, a Akademia Wileńska nadała mu tytuł doktora teologii (1773). Wśród tych licznych obowiązków zwracają uwagę związki Baki z duszpasterstwem dobrej śmierci, znajdujące wyraz w całej jego twórczości.

Zmarł nagle 2 czerwca 1780 podczas pobytu w Warszawie, gdzie przybył na krótko. Nie wiadomo, co go tam sprowadziło – według dostępnych źródeł nigdy wcześniej nie opuścił Litwy. O śmierci i pogrzebie ks. Baki informowała „Gazeta Warszawska” (1780, nr. 46), określając jego śmierć jako „pobożną i przykładną”. Jest pochowany w Warszawie w jezuickim kościele Matki Bożej Łaskawej przy ulicy Świętojańskiej (w podziemiach;