Okupacja i inkorporacja Republiki Łotewskiej do Związku Sowieckiego w 1940 r., a następnie okupacja przez Niemcy (począwszy od 10 lipca 1941 r.), utrudniała, ale nie powstrzymała prac w muzeum. Wycofując się z Rygi, w 1944 r. Niemcy przywłaszczyli sobie najcenniejsze przedmioty. Dzięki poświęceniu Mary Greenberg z Działu Etnografii, która towarzyszyła kolekcji do Niemiec, udało się odzyskać prawie wszystkie przedmioty. Po II wojnie światowej zbiory, dokumentacje, magazyny i prace wystawiennicze zostały przekształcone zgodnie z polityką Związku Radzieckiego. Kilkakrotnie zmieniano nazwę muzeum: Centralne Państwowe Muzeum Historyczne Łotewskiej SRR (1944), Muzeum Historyczne Łotewskiej SRR (1956), Muzeum Historyczne Łotwy (1989). Niezależnie od ograniczeń ideologicznych Muzeum nadal realizowało swoje podstawowe funkcje – gromadzenie, konserwację, badanie i popularyzację artefaktów związanych z historią Łotwy. W 1989 r. zbiory liczyły 571 000 pozycji. Po odzyskaniu niepodległości w 1991 r. muzeum przystosowano do nowych warunków. W 2000 r. i ponownie w 2004 r. zostało akredytowane jako zgodne z normami muzealnymi na poziomie państwowym. Od 1 września 2005 r. do 8 stycznia 2013 r.