Teorie spiskowe Towarzystwo Thule zainspirowało wiele teorii spiskowych takich jak np. autorstwa Jana van Helsinga. Twierdzono przeważnie, że wewnątrz Towarzystwa istniało silnie okultystyczne, czy nawet satanistyczne nastawienie. Są też przypuszczenia, według których istniał wewnętrzny zakon w strukturach Towarzystwa – Zakon Thule. Istnieją też przekazy co do przynależności samego Hitlera do Towarzystwa Thule. Wydaje się to jednak mało przekonujące, ponieważ Hitler wypowiadał się wielokrotnie bardzo lekceważąco o wybujałych teoriach Alfreda Rosenberga.

Można wykazać połączenia niemieckiego spirytyzmu, który pośrednio wyszedł od Towarzystwa Thule, z okultyzmem francuskim (poprzez Alexandra Saint-Yves d’Alveydre). Poza tym, są jasne przesłanki co do tego, że Heinrich Himmler organizował spotkania z francuskim okultystą Gastonem de Mengel.

Jan van Helsing przypuszczał, że w Towarzystwie Thule poza oficjalną częścią istniało wewnętrzne Towarzystwo Vril.

Przypisy