Pośrodku szafy znajduje się rzeźba figury Matki Bożej z Dzieciątkiem, w skrzydłach sceny z Jej życia.
Polichromie prezbiterium wykonał Stanisław Samostrzelnik, na ścianie zamykającej znajduje się scena „Zwiastowania” i „Veraikon”.
Witraże w oknach są współczesne, projektował je Tadeusz Wojciechowski w 1947 roku. Przedstawiają sceny z życia Jezusa i Marii.
Po obu stronach prezbiterium znajdują się barokowe stalle z XVIII wieku. Obrazy umieszczone na nich przedstawiają cysterskich świętych: Roberta, Alberyka, Stefana (założyciela zakonu) i Bernarda.
Przed prezbiterium przy filarach znajdują się boczne ołtarze pochodzące z XVII wieku, dedykowane bł. Wincentemu Kadłubkowi (lewy) i Matce Bożej Nieustającej Pomocy.
Transept Transept jest złożony z trzech kwadratowych przęseł, mających sklepienia krzyżowo-żebrowe.
W prawym ramieniu znajdują się wejścia do zakrystii oraz do klasztoru, a pomiędzy nimi umieszczono nagrobek opata i biskupa kamienieckiego Marcina Białobrzeskiego. Manierystyczny nagrobek wykonał Jan Michałowicz z Urzędowa ok. 1586 roku.
Ściany zdobią polichromie: „Ukrzyżowanie”, herb fundatora „Odrowąż” oraz inne dekoracje wykonane przez Samostrzelnika. Dwie boczne kaplice otwarte na transept, poświęcone są: świętym założycielom cystersów (kaplica przy zakrystii) oraz św.