„Afera” była pierwszą niepubliczną stacją nadającą w Poznaniu. Początkowo program nadawano przez kilka godzin – rano i wieczorem. Koncesję radio uzyskało 21 lutego 1995 roku, a rok później zaczęło nadawać od godz. 6 do północy. Od grudnia 2002 roku nadaje przez całą dobę. Od tego roku Radia Afera można również słuchać przez internet. Od 2014 roku dostępna jest aplikacja na smartfony z systemem Android, od 2015 na Windows Phone.
Do historii rozgłośni przeszedł całodzienny program nadawany z dostawczego Żuka z plandeką, zaparkowanego przed akademikiem. Z powodu wakacyjnej dezynsekcji pomieszczeń akademików Politechniki Poznańskiej i wydany przez władze uczelni zakaz wstępu do budynku, nadawanie ze studia Radia Afera nie było możliwe.
Od 2004 roku Afera należy do Grupy Polskie Rozgłośnie Akademickie.
Na czas pandemii trwania pandemii covid-19 radio musiało przenieść działalność do studiów domowych. W tym czasie wszystkie wywiady z gośćmi były prowadzone zdalnie.