Kościół początkowo należał do archiprezbiteriatu w ReszluTadeusz Korowaj, op.cit., 108.. W roku 1525 nastąpiła sekularyzacja zakonu krzyżackiego i przejście Prus Książęcych na luteranizm. Wskutek tego w roku 1528 powstała luterańska parafia w Łankiejmach, której ośrodkiem stała się tutejsza świątyniaRafał Kociński, op.cit., s. 15.. W 1682 rodzina Truchsess ufundowała dla kościoła ołtarz główny. W roku 1700 dobra Łankiejm przeszły na rzecz rodziny von der Groeben, która objęła opieką miejscowy kościółRafał Kociński, op.cit., s. 16..
Na początku XIX w. kościół w Łankiejmach został poważnie uszkodzony wskutek działania sił natury, w szczególności przez huragan z dnia 17 stycznia 1818 r. Zniszczeniu uległ schodkowy szczyt wieży oraz szczyt z siedmioma sterczynami w elewacji wschodniej. Przystąpiono wówczas do remontu, który objął odbudowę wieży od drugiej kondygnacji i naprawę dachu. Prace zostały zakończone 11 listopada 1819 r.Rafał Kociński, op.cit., s. 25. Kolejna renowacja całego budynku została przeprowadzona w 1911 roku.