18 marca 1939 Neurath otrzymał stanowisko protektora Rzeszy (Reichsprotektor) Czech i Moraw. Służył jako osobisty przedstawiciel Hitlera w Protektoracie. Wprowadził niemieckie prawo kontrolujące prasę oraz zakazał działalności partii politycznych i związków zawodowych. Wprowadził także ostre rygory wobec studentów protestujących w październiku i listopadzie 1939 r. Niezależnie od tego, jak bardzo drakońskie były ustawy wprowadzone przez Neuratha, Hitler uważał, że jego rządy w Protektoracie były zbyt łagodne. Dlatego we wrześniu 1941 odciążył go z części obowiązków, powierzając je Reinhardowi Heydrichowi. Neurath próbował zrezygnować w 1941 r., ale jego wniosek nie został zaakceptowany aż do 25 sierpnia 1943 (urząd protektora objął były minister spraw wewnętrznych Rzeszy Wilhelm Frick).
Proces i więzienie Proces Neuratha odbył się w Norymberdze w 1946 roku. Alianci oskarżyli go o spiskowanie w celu popełnienia zbrodni przeciwko pokojowi, planowanie i inicjowanie agresji wojennej, zbrodnie wojenne oraz zbrodnie przeciwko ludzkości. Został uznany za winnego wszystkich czterech zarzutów i skazany na piętnaście lat więzienia.