W tym samym roku zespół zdobył po raz piąty wojewódzki Puchar Polski, co pozwoliło mu ponownie wystąpić w rozgrywkach centralnych Pucharu Polski, gdzie doszedł do II rundy. Jeszcze w 1992 roku powrócono do nazwy Kaliski Klub Sportowy, a drużyna przez następne lata balansowała między III a IV ligą. W 2003 roku KKS dokonał fuzji z Prosną Kalisz i od kwietnia tego samego roku występował pod nazwą KKS „Prosna” Kalisz. W sezonie 2005/2006 klub zajął ostatnie miejsce w IV lidze wielkopolskiej i po zakończeniu sezonu, ze względu na trudną sytuacje finansową, został rozwiązany. W 2005 roku powstał KKS 1925 Kalisz, który został kontynuatorem tradycji Kaliskiego Klubu Sportowego.
Historyczne nazwy 1925 – Kaliski Klub Sportowy Kalisz 1934 – Kaliski Klub Sportowy „Bielarnia” Kalisz 12.1948 – Zrzeszenie Sportowe „Włókniarz” Terenowe Koło Sportowe w Kaliszu (fuzja Bielarni z Drzewiarzem, Garbarnią i Pluszownią) 02.1950 – Włókienniczy Związkowy Klub Sportowy „Włókniarz” Kalisz 03.1992 – Klub Sportowy „Wistil” Kalisz 1992 – Kaliski Klub Sportowy Kalisz 04.2003 – Kaliski Klub Sportowy „Prosna” Kalisz (fuzja KKS z Prosną Kalisz)