po ustaniu konfliktów wieże takie zaczęto przekształcać w pałace.
Pierwsze piętro prezentuje przestrzeń życia codziennego: kuchnię, gdzie krzyżowało się życie państwa i służby. Gromadząc się przy palenisku przykazywano historię rodziny, w tym lokalne zwyczaje i wiarę chrześcijańską.
Piętro drugie jest już ceglane; jest to piętro szlacheckie, z pokojami państwa, oratorium, jadalnią i salą honorową. W pokoju Pani Loyoli Doña Marina Sáenz de Licona urodziła w 1491 swoje ostatnie dziecko, Íñigo de Loyolę. Właśnie na tym piętrze, w jadalni, przechowywane są kopie „Życia Chrystusa” i „Flos Sanctorum”, które podczas rekonwalescencji czytał Íñigo.
Trzecie piętro mieści pokoje dzieci i gościnne. Właśnie tutaj Íñigo był operowany, choć wróżono mu śmierć. Także tutaj, podczas rekonwalescencji od czerwca 1521 do lutego 1522 dokonało się nawrócenie Íñigo. Dziś miejsce to zajmuje Kaplica Nawrócenia, uznawana za serce Sanktuarium Loyoli.