Ksiądz Schröter miał wcześniej jeszcze jeden proces z władzami pruskimi, gdy w 1825 roku odmówił pochówku Korneliusowi Burgundowi, wieloletniemu dyrektorowi Seminarium Nauczycielskiego w Braniewie. Kornelius Burgund był eksduchownym katolickim, który zrzuciwszy sutannę, poszedł na służbę władz pruskich. Co więcej, był likwidatorem braniewskiego klasztoru ojców jezuitów, a także zadecydował o rozbiórce średniowiecznego pofranciszkańskiego kościoła klasztornego. Za to został obłożony najrozmaitszymi kościelnymi karami, a po śmierci ks. Schröter odmówił mu pochówku. Ksiądz Schröter miał naturę wojowniczą, procesował się nie tylko z własnymi wikarymi, ale też np. z kupcem braniewskim Pfaulem, który tuż pod kościołem urządził browar i świńską fermę i ścieki odprowadzał do fosy miejskiej, zatruwając teren przy kościele. Mimo tego ksiądz Schröter był ceniony przez swych przełożonych i mieszkańców miasta, w 1833 roku został mianowany kanonikiem fromborskim, a następnie honorowym obywatelem Braniewa i Bisztynka.