Po wybuchu wojny, spaleniu miasta przez Niemców, rodzina ukryła się po drugiej stronie rzeki Białej. Ojciec Shmuela został aresztowany. Rodzina przeniosła się w tym czasie do domu burmistrza, a pod koniec 1939 roku razem ze zbiegłym z niemieckiego aresztu Icchakiem przekroczyła rzekę Bug. Przez Rawę Ruską udali się do Zabłudowa. Icchak Wircer odmówił przyjęcia sowieckiego obywatelstwa z tego powodu 20 czerwca 1940 zostali deportowani na Syberię, do obozu pracy w Asino w pobliżu Tomska.
Rodzina żyła w stosunkowo dobrych warunkach. Ojciec Shmuela pracował jako księgowy, dzieci chodziły do szkoły. Na początku 1942 roku, kiedy pojawiła się informacja o tworzeniu Armii Andersa, Icchak Wircer wraz z innymi wynajęli wagon i pojechali do Taszkentu. Nie udało im się dostać do armii. Rodzina wyjechała do Fergany, a następnie osiadła w Lenińsku. Przebywali tam do grudnia 1945 roku. Potem przez Taszkent zdołali przedostać się do Moskwy, gdzie mieszkał brat Szmarjahu Wircera. Na początku 1946 roku powrócili do Polski, do Krakowa, gdzie przebywał brat matki, Mordechaj Rapaport.