W przypadku stwierdzenia w czasie inspekcji uchybień, wynikających z naruszenia obowiązujących przepisów w zakresie prawidłowości urządzeń objętych inspekcja, organ Inspekcji w celu zapobieżenia szkodliwym następstwom tych uchybień występował do kierownika inspekcjonowanej jednostki lub do władzy nadrzędnej tej jednostki o wydanie zarządzeń mających na celu usunięcie tych uchybień w określonym terminie. W przypadku ważniejszych uchybień organ Inspekcji zawiadamiał o nich również ministerstwo, któremu podlega inspekcjonowana jednostka, oraz Ministerstwo Gospodarki Komunalnej.
W przypadku stwierdzenia w czasie kontroli uchybień z zakresu nadzoru higieniczno-sanitarnego nad zaopatrzeniem w wodę do picia, dla potrzeb gospodarczych i sanitarnych oraz z zakresu ochrony sanitarnej wody i gleby przed zanieczyszczeniami organ Inspekcji musiał o tych uchybieniach powiadomić właściwy organ sanitarny. Szczegółowe zasady postępowania w tych przypadkach oraz zasady współpracy Inspekcji za stacjami sanitarno-epidemiologicznymi ustalił Minister Gospodarki Komunalnej w porozumieniu z Ministerstwem Zdrowia.