Opancerzenie kadłuba stanowił wewnętrzny pokład pancerny w formie skorupy, o grubości 25–35 mm w części poziomej i 50–80 mm na skosach. było chronione 100-milimetrowym pancerzem Kruppa po bokach i 20 mm od góry, natomiast działa chroniły maski pancerne o grubości 50 mm.
Przebieg służby thumb|left|SMS „Berlin” pod Agadirem w 1911 roku thumb|left|„Berlin” po przebudowie w okresie międzywojennym, 1929 rok
SMS „Berlin” wszedł do służby w Kaiserliche Marine 4 kwietnia 1905 roku. W lipcu 1911 roku krążownik został skierowany do wsparcia kanonierki „Panther” na wodach marokańskich podczas drugiego konfliktu z Francją o Maroko. Udało się uniknąć działań wojennych i krążownik powrócił do Niemiec w grudniu tego roku. W ciągu następnych dwóch lat używany był w manewrach floty oraz okresowo wycofywany do rezerwy.
Wziął jedynie ograniczony udział w I wojnie światowej, będąc już przestarzały. W jej pierwszym okresie służył w składzie IV Grupy Rozpoznawczej na Bałtyku. Nie odniósł uszkodzeń, natomiast kilkakrotnie holował do bazy inne uszkodzone bliźniacze krążowniki: dwukrotnie SMS „Danzig” po wejściu na minę (w maju 1915 na Morzu Północnym i w grudniu 1915 na Bałtyku) oraz storpedowany 19 października 1916 przez brytyjski okręt podwodny HMS E38.