W latach 1960–1968 był pracownikiem naukowym Zakładu XVI Instytutu Badań Jądrowych, gdzie został profesorem i kierownikiem laboratorium. W latach 1966–1968 miał zakaz wyjazdu z Polski. W marcu 1968 r. został usunięty z IBJ. Wraz z żoną wyjechał do Wiednia, a następnie do Francji, gdzie podjął pracę w koncernie naftowym.

W latach 50. i 60. był inwigilowany z uwagi na podejrzenie o kontakty z wywiadem francuskim, a w latach 1973–1979 figurował w indeksie osób niepożądanych w PRL.

W latach 1949–1957 był członkiem Francuskiej Partii Komunistycznej oraz Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej.

Życie prywatne Brafman czuł się Polakiem, był związany z Polską, nie znał języka hebrajskiego i w ciągu swojego życia nie chciał wyjechać do Izraela. Ożenił się z polską lwowianką wyznania katolickiego.

Odznaczenia Kawaler Narodowego Orderu Legii Honorowej (8 maja 1987), Oficer Narodowego Orderu Legii Honorowej (29 kwietnia 1992).

Upamiętnienie Historia Marca Brafmana została przedstawiona w filmie Michała Fajbusiewicza pt.