Drużyny, które przegrały w tej rundzie, otrzymały prawo gry w III rundzie kwalifikacyjnej Ligi Europy UEFA.
Podział na koszyki Uwaga: Losowanie II rundy kwalifikacyjnej odbyło się przed zakończeniem I rundy kwalifikacyjnej, więc rozstawienia dokonano przyjmując założenie, że awans uzyska drużyna z najwyższym współczynnikiem w poprzedniej rundzie. W przypadku awansu, którejś z drużyn nierozstawionej, w II rundzie przejmuje ona współczynnik najwyżej rozstawionego rywala.
Oznaczenia: Drużyny, które awansowały z I rundy eliminacyjnej zachowując swój współczynnik.
Drużyny, które zaczęły rywalizację od II rundy eliminacyjnej.
Drużyny, które awansowały z I rundy eliminacyjnej, przejmując współczynnik rywala.
Ścieżka mistrzowska:
Grupa 1 Drużyny rozstawione Drużyna Wsp. Dinamo Zagrzeb49.500 Qarabağ FK25.000 Ferencvárosi TC15.500 Drużyny nierozstawione Drużyna Wsp. Slovan Bratysława13.000 KF Shkupi7.250 FC Zürich7.000
Grupa 2 Drużyny rozstawione Drużyna Wsp. Viktoria Pilzno31.000 Malmö FF23.500 FK Bodø/Glimt17.000 Drużyny nierozstawione Drużyna Wsp. HJK Helsinki8.500 Linfield F.C.8.500 Žalgiris Wilno8.000