Żydowski Mikulov thumb|left|Górna Synagoga Początki osadnictwa żydowskiego w Mikulovie są datowane na 1421 rok, kiedy Żydzi zostali wypędzeni z Wiednia oraz z sąsiedniej prowincji w Dolnej Austrii przez austriackiego księcia – Albrechta II Habsburga. Zbiedzy osiedlili się w mieście, które było blisko austriackiej granicy, pod protekcją księcia Liechtensteinu. Kolejne osiedlenia w Mikulovie zostały spowodowane przez Władysława Pogrobowca w 1454 roku, kiedy Żydzi zostali wypędzeni z morawskiej gminy. Gmina po raz pierwszy zyskała na znaczeniu w 1575 roku, gdy cesarz podarował Mikulov Adamowi von Dietrichstein, którego syn, Franz von Dietrichstein, był protektorem Żydów. Podatki zbierane od tamtejszych Żydów były niezbędne do prowadzenia wojny trzydziestoletniej.
Gmina zyskiwała na znaczeniu i w pierwszej połowie XVI wieku Mikulov stał się siedzibą morawskich rabinów. To zapoczątkowało rozwój kulturalnego centrum morawskich Żydów. Sławny rabin Jehuda Löw ben Becalel (1525 – 1609), któremu przypisuje się stworzenie praskiego golema, pełnił tutaj swoje obowiązki przez dwadzieścia lat, jako drugi rabin regionu w latach 1553-1573.