Niemieccy naziści byli zdeterminowani, aby zatrzeć wszelkie ślady po Lidicach, w związku z czym – po pozbyciu się mieszkańców – wszystkie zabudowania wsi zostały po kolei wyburzone przy użyciu materiałów wybuchowych. Nie oszczędzono nawet miejscowego cmentarza, który został rozkopany. Następnie teren, na którym uprzednio istniała wieś, wyrównano za pomocą buldożerów, po czym posiano w tym miejscu rośliny. Zasypano także znajdujący się na przedmiotowym terenie staw i przesunięto koryto przepływającego przezeń potoku. Nazwa wsi została później usunięta ze wszystkich niemieckich map.
Skutki, reakcje i następstwa Masakrę w Lidicach przypłaciło życiem 340 z 503 ich mieszkańców: 192 mężczyzn, 60 kobiet i 88 dzieci. Tragedię przeżyło trzech męskich mieszkańców Lidic: i , przebywający w Wielkiej Brytanii piloci RAF, oraz jeden osadzony w więzieniu w Pradze w czasie wydarzeń z 10 czerwca. Po II wojnie światowej do wsi wróciły 143 ocalałe mieszkanki i 17 ocalałych dzieci (zamieszkały z matkami, które przeżyły wojnę lub z dalszymi rodzinami). Jednym z ocalałych lidickich dzieci i zarazem jednym z najdłużej żyjących świadków masakry była zmarła w 2021 roku w wieku 88 lat . Znalazła się ona wśród 89 dzieci wysłanych do Łodzi, a następnie była wśród siedmiorga umieszczonych w podpoznańskim domu dziecka.