Metropolita warszawski i całej Polski mały|Grób metropolity Tymoteusza Po wyjeździe Makarego do ZSRR i jego śmierci w Odessie w 1961, władze państwowe doprowadziły do wyboru Tymoteusza na metropolitę (od grudnia 1957 był ponownie locum tenens). W intronizacji metropolity udział wzięły delegacje Patriarchatu Konstantynopolitańskiego oraz Patriarchatu Rumuńskiego. Jego wybór na katedrę został również pozytywnie przyjęty przez patriarchę Moskwy i całej Rusi.
Elekcji metropolity Tymoteusza dokonał Sobór Biskupów PAKP, nie zaś – jak zapisano w statucie Kościoła – Sobór Elekcyjny, co doprowadziło do protestów duchowieństwa i wiernych. Nowo wybranemu metropolicie zarzucono objęcie urzędu wbrew prawu kanonicznemu. Pojawiły się wobec niego również zarzuty natury moralnej. Petycje i skargi w sprawie okoliczności objęcia przez Tymoteusza urzędu, jak i samej jego osoby i postawy były wysyłane do Rady Państwa, Rady Ministrów, sejmu, Urzędu ds. Wyznań oraz do patriarchy Moskwy. Proces elekcyjny oprotestował również jeden z członków Soboru Biskupów PAKP – biskup Bazyli (Doroszkiewicz). Twierdził on, że o obsadzie urzędu zdecydowali pracownicy Urzędu ds.