W skład komisji weszli także gen. bryg. Edgar Jadwin i Homer H. Johnson. Komisja przebywała w Polsce od 13 lipca do 13 września 1919 r. Wyniki jej badań zostały opublikowane 3 października 1919 r. Raport Morgenthaua stwierdzał, że od listopada 1918 r. do sierpnia 1919 r. na terenach objętych polską władzą miało miejsce osiem większych ekscesów antyżydowskich: w Kielcach, we Lwowie, w Pińsku, Lidzie, Wilnie, Kolbuszowej, Częstochowie i Mińsku Litewskim.
Najważniejszym ustaleniem komisji było jednak to, że w wyniku ekscesów antyżydowskich straciło życie 200–300 Żydów, a nie wiele tysięcy, jak głosiła wówczas propaganda środowisk żydowskich. Raport podkreślił, że władze polskie, szczególnie wyższego szczebla – wojskowe i cywilne – nie były inicjatorem zajść, przeciwnie, starały się je poskramiać. W czterech wypadkach sprawcami byli dezerterzy z wojska lub niezdyscyplinowani żołnierze.