W roku 1999 placówkę wpisano do Państwowego Rejestru Muzeów.
W 2021 odznaczone Złotym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”, w dziedzinie muzealnictwo.
1 stycznia 2022 zmieniono nazwę z Muzeum Okręgowe na Muzeum Zamkowe w Sandomierzu, dokonując jednocześnie zmiany struktury własnościowej – muzeum stało się placówką wyłącznie państwową, zarządzaną przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego i województwo świętokrzyskie, a dwie inne instytucje współzarządzające nią dotąd (powiat sandomierski i miasto Sandomierz) zrzekły się swych praw.
Kierownicy i dyrektorzy Leon Wilkoński (1927–1939) Eligia Gąsowska (1957–60) Kamila Załuska (1961–70) Jan Przała (1970–75) Ireneusz Skrzyński (1975–76) Kazimierz Kałuża (1976–77) Jerzy Waszkiewicz (1978–95) Zofia Czubowa (1995–2009) Paweł Różyło (2009–2013) Dominik Abłamowicz (2015–2018) Dominik Kacper Płaza (2018–2020) Mikołaj Getka-Kenig (2021-2026) Marcin Adamczewski (od 2026)