W 1985 roku ukazała się płyta „Flash”, a po czterech latach „Guitar Shop”. Styl gry, jaki Beck wraz z Tonym Hymasem oraz Terrym Bozzio zaprezentowali na płycie, stał się cechą charakterystyczną Becka w latach późniejszych. Wyróżniał się sposobem gry palcami, zastosowaniem vibrata, nowoczesną aranżacją i wsparciem instrumentów klawiszowych. Płyta przyniosła artyście nagrodę Grammy.
W latach 90. gitarzysta niemal zupełnie zniknął z rynku, przypominając o sobie jedynie sporadycznymi nagraniami i występami. Jedne z najlepszych partii nagrał na wydanym w 1992 roku albumie Rogera Watersa „Amused to Death”.
Do muzycznej aktywności powrócił w 1999, wydając płytę Who Else!, na której mieszał rock z techno, z naciskiem położonym jednak na ten pierwszy gatunek. Kolejne albumy Becka utrzymane były w tym samym klimacie.
Obok kariery solowej Jeff Beck często uczestniczył w nagraniach innych muzyków, będąc cenionym instrumentalistą sesyjnym.