Jako zawodnik Bayernu Müller strzelił łącznie 398 bramek w 453 meczach. W największym stopniu osiągnięcie to wypracował podczas występów w Bundeslidze, w której w 427 spotkaniach zdobył 365 goli. W rozgrywkach ligowych siedmiokrotnie zostawał królem strzelców (lata 1967, 1969, 1970, 1972, 1973, 1974 i 1978), ponadto cztery razy uzyskiwał ten tytuł w Pucharze Europy Mistrzów Klubowych (lata 1973, 1974, 1975 i 1977) i trzy razy w Pucharze Niemiec (lata 1967, 1969 i 1971). Podczas gry w Bundeslidze i Pucharze Niemiec Gerd Müller ustanowił liczne rekordy, z których większość przetrwała do dziś, m.in. najskuteczniejszego zawodnika w historii (365 goli), najskuteczniejszego zawodnika w historii w meczach wyjazdowych przeciwko jednej drużynie (11 goli w meczu przeciwko FC Schalke 04), najskuteczniejszego zawodnika w historii z dwoma i więcej golami w jednym meczu (87 meczów) oraz najskuteczniejszego zawodnika w historii Pucharu Niemiec (78 goli).
W 1979 odszedł z Bayernu Monachium i wyjechał do Stanów Zjednoczonych, gdzie najpierw – w okresie od lipca 1979 do grudnia 1980 – grał w klubie Fort Lauderdale Strikers występującym w North American Soccer League (NASL), a następnie – od stycznia 1981 do czerwca 1982 – był piłkarzem drużyny Smiths Brothers Lounge.