Na polach, gdzie występuje zgnilizna łodyg, często obserwuje się, że część rośliny powyżej zmian przedwcześnie obumiera, dolna roślina natomiast pozostaje zielona. Ten objaw, znany jako „zamieraniem wierzchołków”, może pojawić się już od jednego do trzech tygodni po infekcji. W miarę postępu fazy gnicia łodyg rdzeń i wiązki przewodzące zanikają, zmniejszając przemieszczanie się wody do górnych liści. W przypadkach, gdy dostępność wody w glebie jest zmniejszona, górne liście mają tendencję do wysychania i obumierania z powodu zmniejszonego zaopatrzenia w wodę.
Faza gnicia łodyg zaczyna się zwykle tuż przed dojrzewaniem roślin. Zazwyczaj cała roślina umiera, a kilka węzłów zgnije. Pod koniec sezonu, gdy rośliny wykazują oznaki przedwczesnej śmierci, na powierzchni łodygi, szczególnie na dolnych międzywęźlach, pojawiają się błyszczące, czarne przebarwienia w postaci plam lub smug. Wewnętrzna tkanka łodygi może stać się odbarwiona i miękka, zaczynając od węzłów.