Ochrona Rośliny poważnie uszkodzone przez fazę zgnilizny łodyg mogą zalegać na ziemi przed normalnym okresem zbiorów. Dlatego należy wcześnie rozpocząć przygotowania do zbiorów z pól skażonych tą chorobą. Chociaż wysoki koszt suszenia ziarna może być problemem przy zbiorze mokrego ziarna, koszt ten może być lepszą opcją w porównaniu z potencjalną utratą plonu z powodu zwiększonego wylegania w późniejszym okresie żniw. Ważne jest wczesne monitorowanie choroby. Poszukiwanie pierwszych jej objawów powinno odbywać się od 40 do 50 dni po zapyleniu i przed pojawieniem się czarnej warstwy. Zdrowe łodygi powinny być jędrne, a miękkie mogą być chore. Dwie metody stosowane do wykrywania zgnilizny łodyg: losowo wybiera się 20 roślin z pięciu różnych obszarów pola, co daje łącznie 100 roślin. Przesuwa się górną część rośliny 15–20 cm od pionu do 45° i obserwuje, czy roślina ugięła się, czy nie. losowo wybiera się 20 roślin z pięciu różnych obszarów pola, co daje łącznie 100 roślin. Po usunięciu dolnych liści należy uszczypnąć lub ścisnąć łodygi nad korzeniami i policzyć liczbę zwiniętych łodyg. Jeśli 10–15% roślin jest zbyt wiotkich lub zbyt miękkich, należy rozważyć wcześniejsze zebranie plonu.