Przez teren wsi przebiega droga wojewódzka nr 527.
Warkały zlokalizowane są na obrzeżu Łąk Warkalsko-Trojańskich, które są bogatym kompleksem przyrodniczym, miejscem występowania torfów wysokich i niskich, żółwia błotnego, żurawia. W granicach wsi znajduje się Obszar Natura 2000 – PLH 280039 „Jonkowo – Warkały” (pow. 226,5 ha), jako teren ochrony siedliskowej występowania torfowisk przejściowych, wysokich, trzęsawisk, borów i lasów bagiennych.
Historia Wieś lokowana w 1345 r., kiedy to biskup warmiński Herman z Pragi, za zgodą kapituły warmińskiej, wydał w Ornecie przywilej Prusowi Succule na założenie wsi Grunewalt (Grünewald), na 30 włókach na prawie chełmińskim w pobliżu jeziora zwanego wtedy Rauxscowe. Proponowana nazwa wsi Grunewalt nie przyjęła się i z biegiem czasu została zastąpiona nazwą Warkallen. Pierwszy sołtys Prus Succule otrzymał 30 łanów ziemi. 35 lat później (1380 r.) ówczesny sołtys Warkał zwrócił się z prośbą o odnowienie dokumentu lokacyjnego. Najprawdopodobniej było to spowodowane zniszczeniami, do jakich doszło w czasie najazdu litewskiego. W XV wieku Warkały ponownie zostały splądrowane. Tym razem było to spowodowane wojną głodową oraz wojną trzynastoletnią. W 1513 r. ponownie wystawiono odnowiony przywilej lokacyjny.