W 1959 roku Lotus nadal korzystał z silników Climax umieszczonych z przodu. Z czwórki jeżdżących dla Lotusa kierowców tylko Innes Ireland zdołał wywalczyć punkty. 5 punktów Brytyjczyka dało Lotusowi czwarte miejsce w klasyfikacji konstruktorów.
Po 1959 roku zdecydowano, że silniki będą umieszczane w Lotusach nie z przodu, a centralnie. Firma mogła również rozszerzyć swoje możliwości dzięki przeniesieniu siedziby do Cheshunt.
W 1960 roku do Lotusa przyszedł Jim Clark, który był związany z zespołem aż do swojej śmierci w 1968 roku. W barwach Lotusa w 1960 roku zadebiutował również John Surtees. Ten kierowca zdobył pierwsze w historii startów Lotusa pole position, co miało miejsce w Grand Prix Portugalii 1960. Również w 1960 roku Lotus osiągnął pierwsze podium w historii startów w Formule 1, dzięki drugiemu miejscu Innesa Irelanda w Grand Prix Holandii. Pierwsze zwycięstwo samochodem Lotus w Formule 1 odniósł Stirling Moss podczas Grand Prix Monako 1960, ale Moss nie był wtedy fabrycznym kierowcą Lotusa, a kierowcą zespołu Rob Walker Racing Team. Podczas Grand Prix Belgii w twarz Alana Staceya, jadącego z prędkością 200 km/h, uderzył ptak. Stacey na skutek tego wypadku zginął.