W 1912 Jerzy Pajączkowski zdał z odznaczeniem egzamin dojrzałości w C. K. Gimnazjum Męskim w Sanoku (w jego klasie byli m.in. Ludwik Hellebrand, Jan Kosina, Mieczysław Krygowski, Józef Agaton Morawski, Tadeusz Remer, Zygmunt Vetulani). W tym samym roku rozpoczął studia prawnicze na Wydziale Prawa Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie. Będąc słuchaczem praw uchwałą Rady Miejskiej w Sanoku z 1912 został uznany przynależnym do gminy Sanok. Dwa lata później, po wybuchu I wojny światowej, w związku ze spodziewanym powołaniem do wojska przeniósł się na Uniwersytet Wiedeński. W szeregach armii Austro-Węgier służył od 1915 (w piechocie); od 1916 w stopniu sierżanta służył na froncie albańskim. Został mianowany podporucznikiem piechoty w rezerwie z dniem 1 stycznia 1917. Do 1918 formalnie pozostawał rezerwistą 45 pułku piechoty. Tuż przed końcem wojny trafił do niewoli włoskiej, ale zwolnienie uzyskał już w grudniu 1918, dzięki interwencji polsko-francuskiej misji wojskowej we Włoszech. Po krótkim pobycie we Francji powrócił do Polski z błękitną armią generała Józefa Hallera. Wstąpił do Wojska Polskiego i już jako porucznik uczestniczył w wojnie polsko-bolszewickiej.