Zagrożenia i ochrona IUCN uznaje marabuta afrykańskiego za gatunek najmniejszej troski (LC, Least Concern) nieprzerwanie od 1988 roku. W 2006 roku szacowano liczebność światowej populacji na 200–500 tysięcy osobników. W 2023 roku globalny trend liczebności oceniono jako prawdopodobnie spadkowy, ze względu na silne spadki liczebności w Afryce Zachodniej; w dużej części zasięgu jego liczebność jednak rośnie.
Dorosłe osobniki mają niewielu naturalnych wrogów i wykazują wysoką roczną przeżywalność, choć odnotowano lwy polujące na nie z zasadzki. U dzikich marabutów zidentyfikowano szereg endopasożytów, w tym nicienie Cheilospirura, Echinura i Acuaria, Amoebotaenia sphenoides (Cestoda) i Dicrocoelium hospes (Trematoda).
Informacje dodatkowe Puch marabuta znajduje zastosowanie w kryminalistyce. Ze względu na swoje właściwości znakomicie nadaje się do wyrobu pędzli daktyloskopijnych. W XIX w. pióra podogonowe i puchowe były masowo pozyskiwane dla zdobienia damskich kapeluszy, boa itp. Spowodowało to wówczas prawie całkowitą zagładę tego gatunku.