Nadleśnictwo Myszyniec w swoim pierwotnym kształcie powstało prawdopodobnie w 1887. W 1907 istniała jednostka określana jako Leśnictwo Myszyniec. W 1918 przemianowano je na Nadleśnictwo Myszyniec. W 1928 z części Nadleśnictw Myszyniec i Ostrołęka stworzono Nadleśnictwo Podgórze. Od 1959 nadleśnictwo podlegało pod Rejon Lasów Państwowych w Ostrołęce. W tym samym roku, po likwidacji rejonów, nadleśnictwo zaczęło podlegać bezpośrednio Zarządowi Lasów Państwowych w Siedlcach. W 1973 do nadleśnictwa dołączono Nadleśnictwo Podgórze. W 1975 wcielono je do Okręgowego Zarządu Lasów Państwowych w Olsztynie (przekształcony w Regionalną Dyrekcję Lasów Państwowych w Olsztynie). W 1978 do nadleśnictwa włączono część dawnego obrębu Lipniki, dotąd znajdującego się w Nadleśnictwie Nowogród.
W 2016 otrzymało Odznakę Honorową za Zasługi dla Rozwoju Gospodarki Rzeczypospolitej Polskiej.
Organizacja Nadleśnictwo dzieli się na 12 leśnictw: Białusny Lasek, Czarnia, Surowe z siedzibą w Czarni, Zdunek z siedzibą w Bandysiach, Wykrot z siedzibą w Jazgarce, Kadzidło, Podgórze z siedzibą w Wachu, Warmiak z siedzibą w Antoni, Dylewo z siedzibą w Olszynach, Rudne z siedzibą w Pupkowiźnie, Serafin i Lipniki z siedzibą w Łysych.