W styczniu 1863 uniknął branki zapisując się do oddziałów ochotniczych, po czym przed udaniem się do lasu wyjechał do Krasnobrodu, aby pożegnać się z rodzicami. W tym czasie był śledzony i następnie został aresztowany w domu rodzinnym. Przez pół roku przetrzymany w Zamościu, po czym przewieziony do Warszawy i osadzony w Cytadeli. Tam poddawany śledztwu nie wydał nikogo. Został zesłany do wołosti abakańskiej w guberni krasnojarskiej koło Minusińska. Do tego miejsca był prowadzony pieszo przez kilka miesięcy i w tym okresie był wsparciem dla współskazańców. Na miejscu zyskiwał zaufanie i szacunek miejscowych, początkowo nieżyczliwie nastawionych. Z czasem podjął się opieki lekarskiej dla tamtejszej ludności, dokształcając się za pomocą książek specjalnie dla niego sprowadzanych. Działał wraz z uczącym się przy nim ks. ks. Rafałem Drewnowskim (późniejszy założyciel i dyrektor szpitala w Tunce). Jako już znany lekarz został skierowany w miejsce panującej epidemii o kilkaset wiorst od Minusińska, gdzie wskutek jego działań wkrótce potem zakaźna choroba zanikła. Prawdopodobnie w związku z tym osiągnięciem został przeniesiony do Krasnojarska, gdzie żył od 1865 przez cztery lata. Tam jednak zabroniono mu prowadzenia praktyki lekarskiej, był poddany nadzorowi policyjnemu, a mógł jedynie studiować nauki medyczne i lingwistyczne.