W 1094 roku zostało włączone do nowo powstałej diecezji zagrzebskiej. W źródłach Međimurje wzmiankowane było po raz pierwszy w 1203 roku, a sam toponim po raz pierwszy pojawił się w dokumencie z 1226 roku. Przez pewien okres było w posiadaniu przez ród Csáków, który wzniósł twierdzę w Čakovcu. W latach 1333–1350 Međimurje stanowiło własność królewską; następnie król Ludwik Węgierski nadał go we władanie banowi Stefanowi II Lackoviciowi. Następnie do 1405 roku należało do rodu Kanižajów, kiedy to Zygmunt Luksemburski przekazał je Hrabiom Celja. Po wygaśnięciu tegoż rodu, Međimurje krótkotrwale należało do króla Macieja Korwina. Kolejno władali nim Ernuštowie i Zrinscy. W XVII wieku, w celu wzmocnienia obrony przed Osmanami, Nikola Zrinski wzniósł twierdze Legrad, Čakovec i Podturen nad Murą. Na terenie Međimurja osiedliła się znaczna liczba chorwackich uchodźców z terenów pod władaniem osmańskim. W 1720 roku stało się bezpośrednią własnością Królestwa Węgier. W XIX wieku miała miejsce wzmożona madziaryzacja (szczególnie w latach 80.), która skutkowała m.in. zmianą nazw miejscowości. Spis ludności z 1910 roku wykazał, że Chorwaci stanowili 90,83% populacji Međimurja, a Węgrzy 8,26%.