W tym czasie powierzono mu obowiązki naczelnika Wydziału Technicznego Dyrekcji Okręgu Poczt i Telegrafów w Wilnie. Z dniem 30 września 1934 został przeniesiony do rezerwy z równoczesnym pozostawieniem w rezerwie w 7 batalionie telegraficznym.
Od 1 października 1934 do września 1939 był dyrektorem Okręgu Poczt i Telegrafów w Poznaniu. Obowiązki dyrektora łączył z funkcją prezesa Okręgu Pocztowego Przysposobienia Wojskowego w Poznaniu.
W czasie okupacji niemieckiej i powstania warszawskiego pełnił służbę w Oddziale V Komendy Głównej Armii Krajowej na stanowisku kierownika działu Odtwarzania Sił Zbrojnych. Po kapitulacji powstania trafił do niemieckiej niewoli. Przebywał w Oflagu II C Woldenberg.
Zmarł 30 czerwca 1948 w Opolu, w niewyjaśnionych okolicznościach, będąc zatrzymanym przez funkcjonariuszy Bezpieczeństwa Publicznego. Został pochowany na cmentarzu w Opolu, a później ekshumowany i przeniesiony do grobu rodzinnego na cmentarzu Srebrzysko w Gdańsku.
Życie prywatne Alfred Wallner był żonaty z Kazimierą z Kłodzianowskich (ur. 2 kwietnia 1893), z którą miał czworo dzieci: Daniłę (ur. 27 marca 1918 w Samborze), Zbigniewa (ur. 19 sierpnia 1920 w Kielcach, zm. 15 sierpnia 1932), Jerzego (ur. 19 kwietnia 1924 w Grudziądzu) i Alfreda Marię (ur.