Następnie René trafił na krótko do Armii Helwecji w 1798 roku, zanim wstąpił do Armii Wschodu. Wziął udział w wyprawie Napoleona do Egiptu, walczył na Malcie i pod Aleksandrią, zanim został przeniesiony do sztabu generalnego. W listopadzie René awansował na , a potem wziął udział w wyprawie do Syrii. Następnie brał udział w oblężeniu Akki i bitwie pod Abukirem, gdzie został poparzony w wyniku eksplozji. We wrześniu 1799 roku uzyskał awans na szefa brygady, a następnie w kwietniu 1800 roku wziął udział w negocjacjach o poddanie się Kairu. Generał Jean-Baptiste Kléber zaoferował René jako zakładnika powstańców podczas negocjacji i przeżył ten czas bez szwanku. W 1801 roku René został mianowany szefem sztabu Armii Wschodu, a następnie awansowany na generała brygady przed kapitulacją Francuzów w Egipcie.
Po powrocie do Francji generał René został przydzielony do 9., a następnie 13. dywizji. W 1804 roku został mianowany Komandorem Legii Honorowej, a gdy w 1805 roku zawiązała się III koalicja antyfrancuska został przydzielony do sztabu generalnego marszałka Berthiera. Podczas kampanii przeciwko Austrii René został mianowany dowódcą francuskich oddziałów w Augsburgu.