Niekiedy wyróżniane są dwa podgatunki gołonoga: M. l. lawrencii (P.L. Sclater & Salvin, 1868) i M. l. exsul (Bangs, 1913). Uznają je autorzy Clements Checklist of Birds of the World (2025), wymienione były też w 5. tomie HBW (1999). Nie znalazły się na liście ptaków świata opracowywanej we współpracy BirdLife International z autorami HBW (10. wersja online: październik 2025), Howard and Moore Complete Checklist of the Birds of the World (2014) i nie uznaje ich IOC (2025).
Filogeneza Rodzaj Margarobyas jest jednym z najstarszych taksonów we współczesnej awifaunie Kuby obok płaskodziobków (Todidae). Znany jest jeden gatunek kopalny, Margarobyas abronensis z późnego plejstocenu, wykazany z zachodniej Kuby z El Abrón Cave (prowincja Pinar del Río, ). Ze względu na słabą dostępność materiału muzealnego gołonóg nie był uwzględniany w badaniach filogenetycznych aż do 2020, podobnie jak 5 innych gatunków sów z monotypowych rodzajów. Wyniki analiz opartych na tym samym materiale były identyczne w przypadku metody największej wiarygodności oraz wnioskowania bayesowskiego, natomiast częściowo odmienne przy zastosowaniu programu SVDquartets.